厚生労働省は2009年5月16日、新型インフルエンザ感染の疑いが持たれていた神戸市内の男子高校生について、新型の豚インフルエンザに感染していることを確認した、と発表した。国立感染症研究所による詳しい検査で分かったもので、検疫による水際阻止以外での、初の国内感染例となった。また、この高校生と同じ学校に通う２人の高校生（男女）についても、神戸市環境保健研究所の検査で、陽性反応を確認。厚労省によると3人には渡航歴がなく、国内において人から人へ感染が広がっている可能性がある。現在、3人は入院治療中だが、同高校ではほかにも１７人が体調不良を訴えているといい、疫学調査は5月10日にさかのぼって実施される。こうした状況を受け、神戸市では同日すぐに「新型インフルエンザ対策本部員会議」を設置し対応した。灘区、東灘区、中央区の全市立小中学校と幼稚園、高校を16日から22日までの7日間、休園・休校として修学旅行も延期。私立や隣接する芦屋市立の学校にも同様の措置を求める。また、17日に予定されていた「第39回神戸まつり」も、新型インフルエンザによる中止が発表された。「問い合わせがコンスタントに続いている状況」神戸市に隣接する尼崎市でも対応に追われている。保険企画課の担当者は、「防災対策会議が開かれている最中です。市民からは、予防法などついての問いあわせがかなり入っていて、かなり混乱がみられますね。なんとか拡大を防がないと・・・」と明かす。兵庫県疾病対策室でも「電話での問い合わせがコンスタントに続いている状況です。地域はどこなのか。症状がインフルエンザのようだがどうすればいいか――不安に感じていらっしゃる人が多いようです。感染がこれ以上広がらないように、こちらも冷静な対応をしていきたい」と話していた。SNS「mixi」では、この件を報じた記事が日記ランキングで1位となり、もっとも関心度が高い話題だ。たとえば、「頼みますからこの時期に広まらないでくださいよ………１１月までは絶対学校休めないんだから………」「モロ地元やんね。近所の薬局屋もマスク完売してたわ。ってなわけで会社からマスクが支給されて、通勤時はマスクを義務付けられました」「妻は妊娠中ですからただでさえ免疫力が低下しています。僕が外からウィルスを持ってこないよう気をつけないといけないです」「とうとうやってきましたね大々的に広がるのも時間の問題なのか？……だとしたら嫌だなあ」などと書き込まれ、感染の拡大を心配する声が多く寄せられている。
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