産経新聞「民主主義のルールに反する決定」
8月31日には3自治体の教育庁が協議したが溝は埋まらず、県の教育委員会が教育委員13人全員による協議を提案。採択をやり直すことになった。9月8日に行われた協議は議事の進め方や、協議の場の位置づけをめぐり紛糾。約6時間に及んだ。結局多数決が行われることになり、退席した与那国町の崎原用能教育長を除く12人のうち8人が東京書籍版の採択に賛成し、育鵬社版は不採択とされた。
この議決をめぐっては、地元メディアは歓迎する一方、産経新聞は大反発している。沖縄タイムスは9月8日夕方にPDF版の電子号外を出して大きく報じたほか、琉球新報は翌9月9日の記事で、
「『つくる会』系教科書の不採択を訴えてきた住民らは、平和と人権の尊重を求める『民意』の勝利を喜んだ」
と伝えた上で、社説でも
「国民主権、平和主義、人権尊重を柱とする日本国憲法や沖縄戦の教訓などを大切に思う、地域住民の声、民意を反映した妥当な判断が下されたことを評価したい」
と育鵬社版不採択をたたえた。
一方、産経新聞は、この問題を9月9日朝刊の1面で
「適正な手続きを踏んだ協議体の決定が別の協議体により覆されたのは、昭和38年（編注: 1963年）に現行の教科書制度が始まって以来、初めて。民主主義のルールに反する決定といえ、波紋を広げそうだ」
と批判。3面には「『ゴネ得』は制度崩壊の危機」と題した解説記事も掲載した。
決定を覆された形に、与那国町、石垣市は「合意はしておらず、議決は無効」と主張しており、今後も紆余曲折が予想されそうだ。