STAP細胞論文の共著者で、理化学研究所の発生・再生科学総合研究センター（CDB）副センター長の笹井芳樹氏が2014年4月16日開いた会見での大きな論点のひとつが、STAP細胞が実在するかどうかだ。笹井氏は論文こそ撤回する考えだが、STAP細胞そのものについては、検証を進める必要があるとの立場で、「検証する価値のある合理性の高い仮説だ」としており、かなりの自信を見せている様子だ。STAP現象を前提にしないと説明しにくいデータがある記者会見に臨む理化学研究所の発生・再生科学総合研究センター（CDB）副センター長の笹井芳樹氏笹井氏の論文とSTAP現象に対する基本的な立場は、「信頼性が複数の過誤で大きく損なわれており、STAP現象の真偽の判断には理研内外の予断のない再現検証が必要」というものだ。半面、顕微鏡ムービーなど、STAP現象を前提にしないと説明しにくいデータがあるとして、「観察データに基づいて考えると、検証する価値のある合理性の高い仮説」とも主張。STAP現象を検証するためには、反対の仮説を立てて検証する必要があるが、「反証仮説の中で私にとって説得力が高いものは見いだしていない」とも述べた。ES細胞混入の可能性は「研究者として真っ先に考えること」ES細胞が混入しただけだという指摘については、「ESの混入は研究者として真っ先に考えること。それでは説明はできないということを何度も考えている」と真っ向から反論するなど、存在を否定する「証拠」は見つかっていないことを強調した。また、「STAP細胞はあると思うか」といった問いには、「科学は（「信じる」「信じない」の）宗教ではない。あくまで『確度がどこまで高いか』という問題だ」と切り返した。