衆院選後にグラドルと不倫スキャンダル
玉木氏といえば2024年11月、元グラビアアイドルとの不倫スキャンダルが発覚。「おおむね事実」と認め、党の役職停止処分を受けたものの、3か月後には代表の座に戻っている。
また、女性候補と党の公認取り消しを巡るトラブルも過去に起こしている。
2024年２月、衆院補選で国民民主党から立候補予定だった高橋茉莉氏がインスタグラムで、過去にラウンジ嬢として働いていたことから「（党から）体調不良を理由に辞退しろと指示を受けました」と暴露した。これに玉木氏はＸで「党はラウンジ等に勤務していたことで出馬辞退を求めるようなことはありません」と反論。結局、公認は取り消された。高橋氏は、この年の9月に自宅マンション敷地内で亡くなっていた。
さらに2025年６月には、国民民主党から参院選比例代表で立候補予定だった山尾志桜里氏が、出馬会見の直後に公認見送りに。山尾氏は、 「党の都合で排除されてしまう政党では、志ある方も今後立候補の決断に躊躇してしまうのではないでしょうか」 などと不満を滲ませた談話を発表し、無所属で参院選に出馬するなど遺恨を残した。
この数日後、玉木氏は外国人特派員協会での会見で「なぜ女性からの支持が非常に少ないのか」との質問を受けた際、英語で「私たちの政策は男性だけでなく、女性にも良いものだが、女性には理解するのは難しい」という主旨の回答をした。これがSNSで「女性蔑視」と批判を浴び、後日、
「英語が未熟なため、拙い表現をしてしまったことを反省しています。決して女性蔑視をするつもりはありませんでした」
とXで謝罪した。